Este jornal teve sua primeira edição publicada no dia 10 de setembro de 1880, em oposição ao jornal Civilização, periódico clerical que surgiu quando a Igreja Católica reagia diante da expansão positivista que chegava ao Maranhão. Os textos publicadosnesse jornal, preocupavam os sacerdotes e seus seguidores.
No longo editorial-programa da primeira edição de O Pensador, escrito segundo presunção geral por Manuel de Bethencourt, há trechos assim:
O Cristianismo fora vencido
Vencido? Completamente não. Já ao longo começa a
erguer-se o vulto majestoso da Reforma. Ouve-se
o troar de um canhão, é Lutero que fala. Vem
retemperar o cristianismo vem fazer brotar as fontes
da liberdade.
A voz da Reforma o clero treme. Parece então que
o mundo lhe vai escapar... Cristo peleja contra
ele pela voz daqueles que apregoam a doutrina.
O Papa recorre aos grandes meios: inventa uma
Máquina infernal – o jesuíta.
Em meio deste século de ciência ele inventou
a maior das monstruosidades – a infabilidade papal,
essa mutilação enorme da razão. E não ficou
aqui. Corrompeu o ensino, alterou a história, deturpou
a moral, perverteu as consciências e fez o Silabus.
Aluísio aproveita-se dos deslizes dos representantes da Igreja Católica para atingir essa Instituição, que possuía respeito e credibilidade e exercia poder sobre a sociedade. Devido às severas críticas que fazia ao clero e a Igreja Católica, o jornal Civilização apontava Aluísio como um indivíduo que tinha pacto com o satanás. A rivalidade era tão grande, que O Pensador foi processado judicialmente, acusado de escrever injúrias contra o clero, principalmente contra o padre Francisco José Batista.
